二战后人类文明顺顺利利地发展了几百年，人类也安稳地生活了几百年，直到科学怪人研究的时光机器闯了祸，这种安逸的生活才被打破。
科学怪人是当世的著名科学家，由于他深居简出，很少有人认识他。他一直在研究穿越时空到其他时代和地方的办法。一次，他正在实验室里。可一不小心，把化学原料撒在了自己的身上，他赶紧去清理一下。可这时，正在研究中的时光机器有了反应。由于无人控制，时光隧道打开了。
时光隧道本来是像一道紧锁的门，很难打开。但这次，科学怪人的时光机器打开了多个星球和多个时代的时光隧道。一些怪物星球的怪物来到了地球上，这场人类历史上最大的浩劫开始了。
最先到达的是拉米亚星的独眼吐火巨人。他们吐着烈火，烧死了无数的人。接着，又有几个星球的怪物到达。他们的身体十分巨大，人类用先进的武器反击。但对他们来说，简直就是在搔痒一般。
整个地球都陷入恐慌之中，很多的人乘坐飞船前往空间站避难。但由于怪物毁掉了所有的发射中心，有一大部分人无法离开，只好躲起来或者等死。这些怪物涂炭生灵，毁灭了人类的文明建设：五百层楼的国际金融贸易中心倒塌了，伴随着轰隆声的是怪物们的狞笑声。
科学怪人知道自己闯祸了，要想挽救全人类，办法只有一个——用时光机器将这些罪恶滔天的怪物送回去。但是，科学怪人研究时光机器的所有资料几乎都没了，必须要重新来过。科学怪人决定前往他的秘密研究所——位于大西洋一座巨型火山内，没人可以找到那里去。科学怪人迅速收拾好研究器材和行李，坐上小型飞机，上路了。
科学怪人很快赶到了自己的研究室，他打扫了一番之后，便睡着了。他太累了，为了全人类，他需要付出很多。
天亮了，他开始工作了，他必须先凭着记忆恢复部分数据，并输入电脑。同时，他与空间站取得了联系。不少人责怪他，因为他的研究，导致无数人流离失所，地球被怪物占领，还有无数人类被他们杀死。科学怪人向在空间站避难的人们保证，一定拯救地球。
外边，怪物们破坏着地球的.安宁。怪物们很怕太阳，于是，用一团黑气将太阳包围起来，形成了“魔日”。
科学怪人日日夜夜地工作着，不到一年，便设计好了时光机器的图纸。可是，困难来了。实验室没有足够的材料供使用制造时光机器，这可怎么办呢？科学怪人发愁了，突然，他灵机一动，立刻与空间站联系，没多久，大批的材料传送到了科学怪人的实验室。科学怪人十分高兴，他知道，地球有救了。
天有不测风云，人有旦夕祸福。不幸的事情又发生了，时光机器再次出了问题，将大批外星野人送到了地球上。这批外星野人跟外星怪物联合起来，地球变得更加混乱起来。科学怪人知道自己必须抓紧时间，不然人类的百年文明就将全部毁于一旦。
时光机器的再次闯祸又一次给了科学怪人血的教训。他茅塞顿开，觉得利用这种时光机器的这条路上写着“此路不通”，只有直接打开时光隧道或者另早机器才行。但是，要打开时光隧道谈何容易。
科学怪人觉得自己的脑子不够用了。他想了想，：“对了！上次打开时光隧道的时侯时光机器的设计图和设计理念还在我的地下实验室里吗？我把它取来，根据上面的设计，用上次闯祸的办法打开时光隧道，将这些肮脏的家伙送回老家。
说干就干。科学怪人准备回去取图纸。可是，他转念一想：瞧我糊涂得，那地方可能都被毁了我都不记得。幸好我的实验室在地下，可是要回去，有很大的危险呀！”科学怪人犹豫起来，他权衡利弊后说：“不入虎穴，焉得虎子！为了地球，就冒次险吧！”
科学怪人准备出发，他明白，陆地上全是怪兽，只能从地下走，他爬进地下行走车，出发了。经过很久的颠簸，科学怪人终于到了。谢天谢地，他的地下实验室还完好无损。他立刻翻找起来，找了很久，才在废纸篓里找到了已经被揉得不成样子的图纸和设计理念。他十分兴奋，一蹦三尺高，他心里明白，地球有救了。
科学怪人马不停蹄地赶回了秘密实验室，并迫不及待地向空间站报告了这个好消息。
科学怪人将图纸和设计理念输入电脑备份，然后开始利用上面的设计，重新制造一种可以控制时光隧道的机器。
科学怪人仍然是毫无办法。图纸上的材料他全有，机器也做出来了，可是，机器就是无法运转。这可让科学怪人气得要命，他反复思考，是哪个环节出了漏洞呢？一天，他正专心致志地想着，一不小心，打翻了一个瓶子，里面的东西流了出来。
科学怪人立刻想起当日，他的身上撒的化学原料一定也撒在了机器上，会不会是他的作用了？一定是的！科学怪人拿起工作简历翻起来，确定了当日撒在他身上的化学原料是锰结核。他利马向空间站报告，希望空间站能给他一些锰结核。锰结核传送到了，科学怪人将他倒进机器里。
一个小时过去了，两个小时过去了，三个小时过去了……机器始终没有运转。科学怪人失望透了，他准备向空间站报告，试验再次失败了。就在这时，机器有了反应。科学怪人见状，抱着试试的态度开始操纵。这次机器真的成功了！
科学怪人兴奋到了极点，又是叫，又是跳，好一会才恢复过来。他向空间站报告：试验成功。地球有救了！”空间站的人们欢呼雀跃。科学怪人按照指示，操纵机器，将怪物们送回了老家，并将时光隧道永远关闭。
地球恢复了宁静，人们回来建设家园，但是，问题又出现了——没有太阳，只有“魔日”。因此，人们必须摧毁那团黑气。这次，又是由科学怪人出注意。他的想法果然奏效。
太阳出来了。一场浩劫之后，太阳第一次出来。人们欢呼雀跃，并开始重建家园，太阳在给他们“加油打气”。科学怪人由于这次教训，不再进行科学研究。他金盆洗手，作了个普通人。
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