世界关于转基因食品的争论从未停息，而对转基因食品的态度各国明显不同。中国国内对转基因食品的安全性也产生了激烈的争论，从转基因玉米和水稻获得安全证书，到进口美国转基因玉米，再到北京白领郭成林因在天涯论坛发表网帖指责金龙鱼采用转基因大豆榨油祸国殃民反被金龙鱼告上法庭，这一些无不引起舆论的轩然大波。
在这样一个众说纷纭争议巨大的新兴技术面前，我国政府对转基因食品的监管体系却存在很明显的漏洞。
1、立法滞后，部门职责不清
转基因技术和转基因食品方面的最高法规只是2001年国务院颁布的《农业转基因生物安全管理条例》，2002年以来，以农业部部长令的形式先后发布了与《条例》配套的4个管理办法，即：《农业转基因生物安全评价管理办法》、《农业转基因生物进口安全管理办法》、《农业转基因生物标识管理办法》和《农业转基因生物加工审批办法》，再由《基因工程安全管理办法》、《农业转基因生物安全管理条例》、《进出境转基因产品检验检疫管理办法》、《新资源食品管理办法》等等其他部门相关行政法规支撑，构成了一个系统。至今为之，依然没能正式立法针对转基因食品安全立法。
针对转基因食品，由于现行法规多数是部门牵头制定的，农业部、国家环保总局、质监局、科技部、卫生部、国家安全部等部门都有不同程度的介入，各个部门分散立法，缺乏统一的协调和监督，造成多头对外以及工作重复和疏漏，而且多个部门介入也会导致权利的冲突和责任的互相推诿。法规也大多从本部门的职责角度出发。对转基因技术及其产品进行管理，具有临时性和应急性，难以从整个生物安全角度出发，对转基因生物技术及其产品安全的.监督管理作出全面系统规定。
2、转基因食品安全监管缺少全局全程监控。
目前转基因食品的安全监管，仅仅关注特定品种，特定环节，然而农业环节复杂丰富，从种子到植株，从植株到食物、饲料、原料，环节多样而复杂，农业影响也不仅仅是针对其产品，还会对地区生态、周围环境产生很大的影响，仅仅监管特定品种的特定环节，是偏颇的，也是不完善的。
3、转基因食品标识制度不完善
按照农业部颁布的《农业转基因生物标识管理办法》规定，对3类产品实行强制标志。这3类产品是：“转基因动、植物和微生物；转基因农产品的直接加工品；用农业转基因生物或用含有农业转基因生物成分的产品加工制成，但最终销售产品中已不再含有或检测不出转基因成分的产品。”但该《办法》对于何为“直接加工品”并没有作出明确规定；同时还将强制标志要求仅限于“直接加工品”，对于“间接加工品”则没有规定需要标注，这在审核的时候就很可能让食品加工企业有空可钻。
同时该《办法》规定，只有列入农业转基因生物标志目录中的产品才适用该制度。第一批目录涉及大豆、玉米、油菜、棉花和番茄等5类17种产品，但这17种产品的覆盖范围显然过窄。例如，该目录规定大豆种子、大豆、大豆粉、大豆油、豆粕需要标志，但食用调和油、豆腐、豆浆、豆奶粉、腐乳等却未包含在内，这些产品中也有可能含有转基因成分。
4、没有形成统一的安全评价标准和技术支撑体系
农业部发布的《农业转基因生物安全评价管理办法》，没有制定统一的国家安全评价标准。在转基因检测方面我国目前共有17个标准，都是各行业、各部委制定的行业推荐标准，而且不同的检测标准在检测方式和精确度上也有较大差异。检测也仅仅有定性的结果而没有定量的标准，并不足以支撑其结果。
那么面对这样的现实，要如何改进呢？
1、完善立法，制定转基因生物技术管理的最高法律，统一政府的各项行政法规，改变政出多门，互相推卸责任，降低办事效率的现状。
2、完善全程监管体系，对各转基因食品都要建立经营档案，对生产进行溯源监管，这个政策可能难以一蹴而就，但应当缓慢的根据品种开始推行，但应当注意品种的全面，不应差异化的针对一些品种管一些品种不管。
3、健全强制标识制度。要求任何转基因产品或含有转基因成分的产品均要进行明显的标识，并且切实加强标识的执行力度。要将知情权和选择权还给消费者。
4、建立统一完善的安全评价体系和检测标准，对转基因食品进行有效的检测。
5、提高信息透明度，加强公众参与。公众参与的重要标志也是他们的知情权和选择权。在立法中应对公众参与转基因农产品贸易活动的程序、机制保障等予以明确规定。进行宣传，加强公众对转基因技术的科学认识；提高转基因生物相关信息透明性和安全管理的公众可参与性；召开多种形式的论证会、听证会、保证公众的参与权；发展各种转基因产品管理和监督的第三方部门和组织，使其从第三方角度进行监管。
这样，在未来，转基因食品才有可能逐步在一个完善的体系内被监管和控制。技术是中性的，无所谓好与坏，关键是如何使其往好的方向发展和运用，并配备完善的监管体系。
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