经过调研和认真分析，目前农村基层党的建设工作存在的突出问题以及问题的成因有以下几个方面：
（一）农村党建工作缺乏强有力的经济支撑，党组织缺少活力。农村税费改革后，农民负担得到减轻，政府收入相应减少，乡镇收支缺口较大，需要上级政府下拔转移支付资金弥补缺口，维持各项工作运转。在有限的办公经费面前，乡镇往往确保公共行政性支出，压缩甚至冻结党建办公经费支出。对于乡镇公共行政性支出，上级下发了明确具体的配套性文件，可以列入年初财政预算，而农村党建工作经费支出上面没有明确的配套文件，只能挤占乡镇办公经费支出预算，杯水车薪，自然制约了党建工作正常开展。
（二）一些合并乡镇的干部对工作面的增加和新职能的确立还不够适应。合乡并镇后，乡镇党政班子成员中有不少人交叉任职，一人多职。有的乡镇党政班子成员减到4—5人，有的干部身兼2—3职，管理7—8摊，使乡镇领导班子职数大大下降。从理论上讲，职能交叉，一人多职，是精简干部的好途径、好办法，既精简了职数，又减少了支出，提高了工作效率。但是个别乡镇没有真正理解减人增效的意义，做法简单，作风肤浅，不能很快适应工作职能的转变，所以合并后的部分乡镇在减人增效方面没有显现出来，反而有降低工作效率的趋向。
（三）党员干部培训教育不够、素质下降，影响农村发展和稳定。税费改革前，乡镇一般作出规定，农村党员和村干部教育培训经费，由各村社负担，两项培训费都上交乡镇党委或市委党校，由党校统一安排教育培训。而改革后，村社收入减少，培训开支压缩，党委或党校举办培训班的资金主要来源被切断，最关键的是乡镇财政预算没有将对农村干部、党员、入党积极分子的教育培训经费列入，造成党员干部教育培训工作无法正常开展。教育培训的力度不够，造成了党员干部的素质下降。
同时，党员的教育、管理、发展与党员队伍实际不相适应。一是青年党员发展对象后继乏人。近年来，随着经济、文化、社会的转型，入党积极分子数量渐趋下降。青年新生力量处于分散、流动状态，党组织难于对他们开展有效的教育和培养。二是流动党员缺乏有效管理。许多农民党员外出务工经商，长年不归，不学习、不过组织生活，地方党组织在管理上缺少有效措施。三是党员年龄严重老化，难以发挥先锋模范作用。
（四）党支部活动难开展，党组织缺乏凝聚力。税费改革后，每个村只能维持村社干部工资，村级办公经费紧缺，村党支部没有足够的组织活动经费，出现了三个不够：一是热情不够。感到支部越来越没有干头，党建活动越来越没有抓头，村支部被紧缺的经费捆住了手脚，想出了路子，却迈不开步子；想办的事很多，办成的'却不多；有心办事，有人办事，却无钱办事；党建经费只能从村“办公经费”中挤，而往往又挤不出多少经费来。因此，基层党组织特别是村党支部感觉到村级党建可抓可不抓的错误信号，有的村支部干脆不抓了。二是精力不够。税费改革后的村支部由于与村委会“双向进入，交叉兼职”，同时还有部分村干部兼任社干部，就把主要精力放在村级事务上，搞“一边倒”，认为村级事务有硬性经费投入，有钱办，能摸得着，看得见，容易出政绩，而不愿去干无钱投入，难见成效的党建活动。三是活动开展不够。有的村在税费改革后，党组织成为没有活力的“三不支部”：不开展党组织活动、不培训教育党员、不发展新党员。
（五）没有建立起长效机制，党建工作动力不足。目前看一些大多数基层党组织对党建工作还抱着可有可无，可抓可不抓的思想认识；还处在想起来就抓一下，想到哪就抓到哪的阶段，没有形成制度性、规律性的东西。对一年的党建工作谋划，支部负责人心里没数，肚里没谱，不知道该怎样抓。没有了规划和机制，党建工作就如同迷失了方向的航船，不知道何去何从。这也是农村基层党组织普遍存在的问题。归结起来原因还是各级党委对党建工作重视的力度不够，投入的精力、人力、财力、物力都不够，使之成了摆设性的东西。
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