一、检查工作的指导思想、原则和方法
这次土地专项资金财务检查的指导思想是：认真贯彻执行国务院召开的全国进一步治理整顿土地市场秩序电视电话会议精神，按建立社会主义市场经济和公共财政的要求，适应国家财政、预算管理制度改革的需要，进一步加强《土地管理法》和财经法规的学习，认真检查土地专项资金在征收、使用和管理工作中存在的问题，分析问题产生的原因，制定切实有效的措施，纠正管理中存在的征收不到位、使用不及时和支出管理不规范等问题，更好地维护国有土地资产的合法收益，推进资源管理向经济调节、市场监管和公共服务转变，促进国土资源管理和国土资源事业的健康发展。
这次专项资金财务检查的原则和方法是：自查为主、抽查为辅，点面结合、突出重点，认真整改、区别对待，建章建制、规范管理。
(一)自查为主、抽查为辅。这次土地专项资金财务检查工作采取自查和抽查相结合的检查方式进行，强调以自查为主，抽查为辅的原则。因此，土地专项资金财务检查工作的基础是各级国土资源管理部门的自查自纠;同时，上级国土资源管理部门应加强对下级国土资源管理部门检查工作的指导和督查。此次土地专项资金财务检查工作由财务部门牵头，相关业务部门、纪检、监察和执法部门参加。
(二)点面结合、突出重点。这次土地专项资金财务检查工作采取点面结合方式进行。各级国土资源管理部门要在对所有土地专项资金包括土地资产收益(含土地基金收入)、专项收入和行政事业性收费进行全面检查的基础上，做到重点突出。在收入检查方面，要重点突出对土地出让金、新增建设用地土地有偿使用费和耕地开垦费等专项收入(收益)的自查自纠工作;在支出检查方面，要重点突出对土地专项资金使用的自查自纠工作;在管理制度检查方面，要突出建立健全制度，以及制度贯彻、落实情况的自查自纠工作。同时，对在全国进一步治理整顿土地市场秩序中发现的与资金有关、尚未处理的问题也要作为检查的重点认真检查，并配合治理整顿办公室进行整改，以促进检查工作全面、有效进行，保质保量地完成。
(三)认真整改、区别对待。针对土地专项资金征收、使用和管理中存在的问题，要立足于在查清底数、摸清情况的基础上，有针对性地制定整改措施，认真整改;要着重纠正土地专项资金征收不到位、使用不及时和管理不规范的问题;同时，对尚未建立管理制度的，要限期建立;对制度不落实、管理不到位的，要采取有效措施贯彻落实。对检查中发现问题的处理，实行自查从轻、被查从严的原则。对于自查工作中发现的问题，凡是依法自查自纠的，可从轻处理，今后可不再作为问题提出;凡被查出的问题，包括通过上级抽查或群众举报查出的`问题，要依法从严处理：对在检查过程中仍然有令不行、有禁不止，甚至***的，要依法严肃处理并追究领导责任;触犯刑律的，移送司法机关
依法处理。
(四)建章建制、规范管理。开展土地专项资金财务检查工作的根本目的在于通过检查发现土地专项资金在征收、使用和管理中存在的问题，并通过整改进一步建立健全与土地专项资金管理有关规章和制度，建立规范专项资金征管，促进国土资源管理事业健康发展的长效机制，促进国民经济和社会持续、快速、健康发展。因此，各级国土资源管理部门要重视和加强与土地专项资金征管有关的规章和制度建设。对按法律、法规规定该建立的各种规章、制度和办法，要按规定认真研究，尽快制定、印发执行;对已经建立的，要在抓好贯彻、落实的基础上，根据新的形势和适应工作变化的要求做好完善和健全工作;特别是对检查工作发现的问题，要有针对性地开展分析和研究，尽快建立制度和办法，予以解决和完善，以进一步规范土地专项资金的征收、使用和管理。
二、检查工作的范围和主要内容
此次专项资金财务检查的范围是：各级国土资源管理部门2011年各项土地收益、专项资金和土地行政事业性收费、罚没收入的征收、使用和管理工作情况，检查的主要内容为：
(一)专项资金收入的种类。主要摸清本部门(单位)土地收益、土地专项收入和土地行政事业性收费的种类;查清土地专项收入收费项目的确立、审批是否符合法律、法规的规定，收费的范围和标准是否依法得到有关部门的批准，是否存在违规设立收费项目等问题。
(二)专项资金收入的征收情况。主要是检查各种专项资金收入的收取是否按规定的收费范围和标准足额收取，是否存在擅自扩大收费范围、提高收费标准，以及违规、越权减免专项资金收入，应征未征或少征的问题;收取各项收费是否按规定使用合法的收费收据;收取的各项收费是否按规定及时、足额缴入财政专户或国库，是否存在违规设立收入过渡户和不按规定的时间缴交国库(或财政专户)的问题，以及坐支、截留、挪用专项资金收入的问题。
(三)专项资金的使用情况。主要是检查专项资金的使用是否符合法律、法规规定的用途和支出范围，专项资金项目支出预算的下达和资金的拨付是否及时，是否存在不按规定的开支范围和开支标准使用专项资金，以及截留、挪用专项资金等问题。
(四)专项资金管理情况。主要检查各种专项资金征收、使用和管理的规章、制度和办法是否按规定建立，与土地专项资金有关的法律、法规、制度和办法是否得到贯彻和落实，行政事业性收费和罚没收入“收支两条线”的规定是否得到贯彻和执行等。
三、检查工作的部署和安排
这次土地专项资金财务检查工作，采取地方各级国土资源管理部门自查自纠与上级抽查相结合的办法，分三个阶段进行。
(一)动员和自查阶段(9月16日至10月31日)。部决定于9月17日召开全国国土资源财务管理工作会议，同时，部印发了《关于开展土地专项资金财务检查工作的通知》，制定了《土地专项资金财务检查工作方案》。各盛自治区、直辖市国土资源管理部门要按《土地专项资金财务检查工作方案》的部署和安排，迅速组织制定本地区土地专项资金财务检查工作方案，及时进行检查工作的动员和部署。要按部《土地专项资金财务检查工作方案》和本地区土地专项资金财务检查工作方案规定的检查内容、时限和要求，认真开展土地专项资金的自查工作。同时，各级国土资源管理部门要重视和加强对检查工作的领导，成立主管厅长任组长，财务、规划、耕保、土地利用、地籍、纪检、监察、执法等部门参加的检查工作领导小组，抽调得力人员成立专项资金财务检查办公室，具体负责检查工作。
部将适时召开专门座谈会、汇报会，抽查各地检查工作的动员部署和自查情况。部还将印发与检查工作有关的学习资料，供各级国土资源管理部门学习、对照检查和整改。
(二)整改和建章建制阶段(11月1日至11月30日)。各级国土资源管理部门要在摸清土地专项资金基本情况、查清底数的基础上，对检查过程中发现的问题按现行法律、法规、制度和办法的规定进行认真处理，按规定该取消的收费项目要坚决取消，该转为中介收费的要坚决转，该降低收费标准的要坚决降低;该纠正问题的要主动纠正;该立案查处的案件要立案查处。同时，做好建章建制工作。
部和省级国土资源管理部门要组织力量对市、县级国土资源管理部门的检查工作进行督查和指导;同时，要选择一些大案要案认真查处。对检查中发现的问题，已经依法严肃处理的，上级部门可以不再处理;对不主动依法处理的，上级部门要组织力量进行查处。