本人认为：
1、劳动合同可能出现不合理的情况，如显失公平条款，对这类合同，合同当事人可申请法院予以撤销，合同被撤销之前仍然具有法律效力。
2、法律规定，劳动合同双方可以约定一方违约应承担违约责任的相关条款，因此在劳动合同中约定违约金完全合法，上述案例中违约金只有三千元，不能说显失公平或者不合理。
3、关于合同条款的效力问题，法律规定：违反法律和行政法规的合同无效。该违约金条款并不违反法律，显然是有效条款。
4、劳动法并没有规定未经备案的劳动合同是无效合同。备案只是行政机关对企业劳动合同进行管理的行政行为，不备案所产生的法律后果只是用人单位因违反行政性规定而受到行政机关的.相应行政处罚，而不是导致合同或合同条款的无效。
因此，违约金条款是有法律依据的合法条款，不违反法律、行政法规。只要在合理范围内的违约金，应当是有效而且是合理的。该条款的合理性和合法性并不依合同是否备案而有所不同。
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